Hola Carlos,
Aquí te hago algunas consideraciones jurídicas, así como te comento a continuación los casos que me he encontrado en la práctica, esperando que te sirvan de ayuda para tu consulta:
A) El Convenio de CMR no distingue entre las figuras de “transportista contractual” y “efectivo”, estando subsumidas ambas realidades, sobre todo a efectos de responsabilidad, en el concepto general de “transportista».
Por tanto, al no hacer el Convenio tal distinción en la carta de porte CMR no existen unos apartados específicos para dicha diferenciación (lo que sí que ocurre con la figura del “transportista sucesivo”, que específicamente regula el Convenio).  
B) La carta de porte CMR es prueba de la existencia del contrato de transporte y de sus circunstancias, pero en la mayoría de los casos no recoge todas ellas.
Un claro ejemplo de ello es la subcontratación del transporte. Y es que la carta de porte no suele reflejar toda la cadena de subcontratantes intervinientes. Lo habitual es que el transportista efectivo emita la carta de porte en la que figure sólo él como porteador y no se mencione al resto de los transportistas anteriores de la cadena.
Ello no quiere decir que, por no figurar en la carta de porte, el resto de los transportistas no tenga una responsabilidad (que la tienen, siendo la misma que la del efectivo), sino que al no constar en el documento de transporte su involucración vinculación habrá de ser probada por otros medios de haber un procedimiento judicial (Ej. Intercambio de comunicaciones para la contratación del transporte, orden de carga, factura del transporte, etc….).
 
Dicho lo cual aquí te comento alguno de los supuestos que me he encontrado en la práctica sobre la cuestión que planteas:
(1) El transportista contractual emite la carta de porte con su logo, datos de la compañía, etc…. (normalmente esta información figura en la parte superior derecha donde se menciona que se trata de una carta de porte CMR) e identifica al transportista efectivo en el apartado de “portedor” (casilla 16) de dicho documento.
(2) El transportista efectivo emite la carta de porte con su logo y sus datos (similar a la del anterior supuesto), dejando sin completar el apartado “portedor” ya que consta debidamente identificado como tal por haber emitido el documento de transporte con su información.
También puede ocurrir, que el transportista efectivo emita una carta de porte sin ningún tipo de logo o identificación, pero haciendo costar sus datos en el apartado “porteador”.
En ambos supuestos los datos del transportista contractual no constan como tal en la carta de porte CMR, por lo que habrá que estar a otro tipo de prueba distinta a la carta de porte para demostrar su vinculación con el transporte.
En cualquier caso, en este tipo de casos, de querer hacer constar con quién se contrató el transporte en la carta de porte, entiendo que no habría problema de utilizar la casilla 19 “estipulaciones particulares” (cajón desastre donde cabe cualquier tipo de circunstancia relacionada con la contratación del transporte) aunque en la práctica no se hace.
(3) Se emite una carta de porte sin ningún tipo de logo o identificación de una empresa, figurando en el apartado “porteador” los datos del transportista contractual y en el apartado de “transportista sucesivo” los datos del transportista efectivo.
El hecho de que el transportista efectivo figure como «transportista sucesivo» en la carta de porte no altera su régimen de responsabilidad, ya que hay que estar a la realidad de lo hechos.
 
Espero que mis comentarios te hayan servido de ayuda. 🙂
Un abrazo,
Luis Alberto Garcia
Rogers & Co Abogados
lag@rogersco.es